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との連携でお得でした。
複数のページ（HTMLファイル）を１つのフォルダ（同一階層）に置く
RapidWeaverでフォルダ名とファイル名を変えずに4ページ作って以下のような構成にしたとします。
名称未設定ページの右にあるのはそのページの（フォルダ名/ファイル名）となっています。名称未設定ページ１はトップページなのでフォルダはありません。
名称未設定ページ１（index.html）
名称未設定ページ２（page1/page1.html）
┗ 名称未設定ページ３（page2/page2.html）
┗ 名称未設定ページ４（page3/page3.html）
これをメニューバーの「ファイル/書き出し」で適当な場所に書き出します。書き出されたフォルダを開くと以下のような構成になっていると思います。
My Website
┣ index.html（名称未設定ページ１）
┣ page1（フォルダ）
┃ ┗ page1.html（名称未設定ページ２）
┗ page2（フォルダ）
┣ page2.html（名称未設定ページ３）
┗ page3（フォルダ）
┗ page3.html（名称未設定ページ４）
では、タイトルのように、このページ構成のまま「page1.html、page2.html、page3.html」を１つのフォルダに入れる方法を解説します。
名称未設定ページ2・3・4のフォルダ名をすべて「/test」にする
（フォルダ名は仮です）
これだけです。「page1」というフォルダ名を「/test」とします。（トップページのindex.hmlと同じ最上位階層にファイルを置きたい場合は、フォルダ名を「/（スラッシュ）」だけにします。）
他のページも同様です。最初の例でいくと以下のようになります。
名称未設定ページ１（index.html）
名称未設定ページ２（/test/page1.html）
┗ 名称未設定ページ３（/test/page2.html）
┗ 名称未設定ページ４（/test/page3.html）
ファイルメニューから書き出すと以下のような構成になっているはずです。
My Website
┣ index.html（名称未設定ページ１）
┗ test（フォルダ）
┣ page1.html（名称未設定ページ２）
┣ page2.html（名称未設定ページ３）
┗ page3.html（名称未設定ページ４）
ポイントは、フォルダ名の前の「/（スラッシュ）」にあります。このままRapidWeaver内でページをどこに移動させても書き出される方の構成は変わりません。（そのかわりメニューにはそれがそのまま反映されますのであまりあちこちに動かす意味は無いと思いますが。）
これはどういうことかというと、フォルダ名の先頭に入れた「/（スラッシュ）」が、そのページのファイルの起点（絶対パスのような状態）になっているからです。
例えば、このサイトは
http://rapidweaver.recasin.com/
もしくは
http://rapidweaver.recasin.com
というアドレスにアクセスするとトップページが表示されますが、実際には
http://rapidweaver.recasin.com/index.html
というアドレスのページが表示されています。
フォルダ名の先頭に「/」を入れた時には、スラッシュの前に「サイトのURL」が隠れていると思って下さい。
/フォルダ名 = サイトURL/フォルダ名
こういう感じですかね。最後にもうひとつ例を上げておきます。
名称未設定ページ１（index.html）
名称未設定ページ２（/test/test2/page1.html）
┗ 名称未設定ページ３（/test/page2.html）
┗ 名称未設定ページ４（/test/page3.html）
こういうページの構成でも名称未設定ページ２のフォルダ名を「/test/test2」のようにして書き出すと…
My Website
┣ index.html（名称未設定ページ１）
┗ test（フォルダ）━ test2 ━ page1.html（名称未設定ページ２）
┣ page2.html（名称未設定ページ３）
┗ page3.html（名称未設定ページ４）
このようになります。参考になりましたでしょうか？ちなみに
test/test
というように、先頭にスラッシュの無いフォルダ名は付けられませんのでご注意を。必ず最上位の階層から指定しなければならないようです。